MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS4

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010367	TATC	2	8	2	9	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010367	GA	3	6	42	47	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010367	GCT	2	6	65	70	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010367	TC	3	6	655	660	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010367	TAAA	2	8	787	794	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010367	ACT	2	6	810	815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010367	TGAC	2	8	818	825	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_010367	GAC	2	6	839	844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010367	GTGAG	2	10	870	879	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010367	TCGC	2	8	2190	2197	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010367	AGC	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010367	GCT	2	6	2265	2270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010367	TGG	2	6	2305	2310	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010367	CGG	2	6	3326	3331	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010367	CGACAG	2	12	3343	3354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010367	CGA	2	6	3389	3394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010367	TCAGG	2	10	3418	3427	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010367	TTC	2	6	3487	3492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010367	CT	3	6	8070	8075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010367	GTGAG	2	10	8150	8159	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010367	TAC	2	6	8280	8285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010367	GA	3	6	8797	8802	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010367	ACG	2	6	8866	8871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010367	GTC	2	6	8878	8883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010367	AAT	2	6	8905	8910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010367	CCG	2	6	8919	8924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_010367	CT	3	6	9023	9028	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010367	CGAACG	2	12	9056	9067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010367	ACG	2	6	9077	9082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010367	GTC	2	6	9095	9100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010367	GTCA	2	8	12832	12839	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_010367	GGA	2	6	13001	13006	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010367	TTA	2	6	20907	20912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010367	CA	3	6	21030	21035	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_010367	G	6	6	21146	21151	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010367	CCA	2	6	21234	21239	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_010367	CAT	2	6	21250	21255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010367	GCA	2	6	21305	21310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010367	GGA	2	6	22537	22542	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010367	AAAC	2	8	22548	22555	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010367	GCA	2	6	22590	22595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010367	ATG	2	6	22601	22606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010367	TCG	2	6	22627	22632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010367	AG	3	6	22660	22665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010367	AGA	2	6	22674	22679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010367	GCT	2	6	22691	22696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010367	GTT	2	6	22702	22707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010367	AGC	2	6	22728	22733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010367	TCC	2	6	22737	22742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_010367	GGT	2	6	22757	22762	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010367	GAG	2	6	22768	22773	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010367	TCTG	2	8	23143	23150	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010367	CCT	2	6	23203	23208	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_010367	CTG	2	6	23226	23231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010367	GGGGT	2	10	23249	23258	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010367	TAT	2	6	23302	23307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010367	G	6	6	23356	23361	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010367	AT	3	6	23405	23410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010367	TGT	2	6	23871	23876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010367	GACG	2	8	23900	23907	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_010367	AT	3	6	23947	23952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010367	GA	3	6	23956	23961	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010367	ACTC	2	8	23970	23977	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010367	GGC	2	6	24003	24008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010367	TG	3	6	24047	24052	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010367	CT	3	6	24121	24126	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_010367	TTC	2	6	24882	24887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010367	CAA	2	6	24958	24963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010367	GGC	2	6	25072	25077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010367	GT	3	6	25096	25101	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010367	GT	3	6	25119	25124	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010367	ACG	2	6	25198	25203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010367	GTC	2	6	25211	25216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010367	CTGG	2	8	25227	25234	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010367	AAT	2	6	25238	25243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010367	CCG	2	6	25252	25257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_010367	CT	3	6	25355	25360	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_010367	ACG	2	6	25409	25414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010367	GTC	2	6	25427	25432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010367	CA	3	6	25435	25440	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010367	TCC	2	6	28879	28884	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_010367	GCT	2	6	28891	28896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010367	GTTC	2	8	28904	28911	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010367	GTT	2	6	28932	28937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010367	CGT	2	6	28942	28947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010367	TGA	2	6	29048	29053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010367	GCG	2	6	29079	29084	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010367	AAC	2	6	29118	29123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010367	GGC	2	6	29177	29182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010367	CGC	2	6	29207	29212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_010367	GTCG	2	8	29239	29246	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010367	CTT	2	6	29273	29278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010367	CCCT	2	8	29309	29316	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_010367	AAC	2	6	29407	29412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010367	TTG	2	6	30799	30804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010367	CAA	2	6	30913	30918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010367	TTAG	2	8	30929	30936	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010367	GGC	2	6	30957	30962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010367	GGAA	2	8	30981	30988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010367	GAG	2	6	30990	30995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010367	CCT	2	6	31018	31023	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_010367	CAA	2	6	32326	32331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010367	CCT	2	6	32392	32397	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_010367	ACC	2	6	32459	32464	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_010367	G	6	6	32470	32475	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010367	ATAG	2	8	32490	32497	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010367	TTG	2	6	32516	32521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010367	TCG	2	6	33415	33420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010367	CTG	2	6	33446	33451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010367	CTG	2	6	33465	33470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010367	CAA	2	6	33480	33485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010367	GCG	2	6	33538	33543	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010367	CCA	2	6	33607	33612	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_010367	CGG	2	6	33654	33659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010367	TGC	2	6	33665	33670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010367	TC	3	6	33721	33726	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_010367	AC	3	6	33756	33761	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_010367	CAG	2	6	33800	33805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010367	ACCG	2	8	33813	33820	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_010367	CGTG	2	8	33858	33865	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_010367	GCG	2	6	33866	33871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010367	CGACG	2	10	33891	33900	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_010367	AT	3	6	33904	33909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010367	GAG	2	6	33981	33986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010367	TCGC	2	8	33993	34000	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_010367	GTC	2	6	36284	36289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010367	GTA	2	6	36294	36299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010367	ACAG	2	8	36702	36709	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_010367	CT	3	6	36820	36825	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_010367	GTT	3	9	36830	36838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010367	CGC	2	6	37014	37019	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_010367	GCC	2	6	37074	37079	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_010367	C	6	6	37096	37101	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
134	NC_010367	TGG	2	6	37112	37117	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010367	TCA	2	6	37119	37124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010367	CACG	2	8	37658	37665	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_010367	GCC	2	6	37681	37686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_010367	GTCC	2	8	38051	38058	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_010367	GTT	2	6	38082	38087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010367	TGGC	2	8	38094	38101	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_010367	TGT	2	6	38104	38109	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010367	GAC	2	6	38716	38721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010367	CGT	2	6	38725	38730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_010367	GAG	2	6	38785	38790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010367	GAA	2	6	38821	38826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010367	ATT	2	6	38830	38835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010367	AAC	2	6	38855	38860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010367	CGG	2	6	38903	38908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010367	ATC	2	6	38910	38915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_010367	GAC	2	6	39688	39693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010367	CAC	2	6	39762	39767	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_010367	TTA	2	6	39779	39784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010367	CAG	2	6	40821	40826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_010367	GTTT	2	8	40837	40844	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.